Fakultas Peternakan Universitas Udayana yang pada awalnya bernama Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan didirikan tahun 1962 (SK Mendikbud No. 104, tanggal 19 Agustus 1962), dan berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 8, tanggal 31 Januari 1963, yang sekaligus sebagai SK pendirian Universitas Udayana.Pada saat itu Universitas Udayana baru menaungi empat fakultas yaitu Fakultas Sastra, Fakultas Kedokteran, Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan, serta Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan.Fakultas terakhir ini telah memisahkan diri dari Unud dan bernama Sekolah Tinggi Keguruan Ilmu Pendidikan berkedudukan di kota Singaraja, Kabupaten Buleleng.

Sejak berdirinya FKHP Unud, jurusan yang ada hanyalah jurusan Peternakan. Pada tahun 1980 dikembangkan Jurusan Kedokteran Hewan yang kemudian berdiri sendiri menjadi Program Studi Kedokteran Hewan (PSKH) dan sekarang Fakultas Kedokteran Hewan (FKH).

Selanjutnya, melalui SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0562/O/1983, tentang jenis dan jumlah jurusan pada fakultas-fakultas di lingkungan Unud, dan SK. Dirjen. Pendidikan Tinggi No. 55/Dikti/Kep/1984, tanggal 31 Juli 1984 tentang jenis dan jumlah program studi di lingkungan Unud, maka Fakultas Peternakan memiliki dua jurusan dan sembilan bidang studi yang didukung oleh laboratorium-laboratorium.Mengacu kepada SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0311/U/1994 tentang kurikulum yang berlaku secara nasional Program Sarjana Bidang Ilmu-Ilmu Pertanian,Fapettelah memiliki dua jurusan (Produksi Ternak serta Nutrisi dan Makanan Ternak). Keduanya telah diakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Depdiknas RI. Untuk Jurusan Nutrisi dan Makanan Ternak dengan Nomor 12/BAN-PT/Ak-VII/S1/IV/2004, tanggal 16 April 2004 dan untuk Jurusan Produksi Ternak dengan nomor 017/BAN-PT/Ak-VII/S1/V/2004 tanggal 07 Mei 2004, masing-masing memperoleh peringkat A.

Selanjutnya, dengan menindaklanjuti hasil tracer studi pada alumni dan stakeholder fakultas peternakan, maka dipandang perlu untuk menggabungkan semua jurusan yang ada di Fakultas Peternakan Unud menjadi satu Program Studi. Setelah melalui berbagai tahap maka akhirnya penggabungan Jurusan dan Program Studi di Fakultas Peternakan Universitas Udayana dapat terwujud, dengan Surat Dirjen Dikti Nomor : 113/Dikti/Kep/2007 tanggal 31 Agustus 2007 dengan nama Program Studi yang baru yaitu ”Program Studi Peternakan”. Pada tahun 2018, Program Studi Peternakan memperoleh nilai akreditasi A dari BAN PT