Fakultas Peternakan Universitas Udayana pada awalnya bernama Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan didirikan pada tahun 1962 (SK Mendikbud No. 104, tanggal 19 Agustus 1962). SK tersebut kemudian diperkuat dengan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 8, tanggal 31 Januari 1963, sekaligus sebagai SK pendirian Universitas Udayana.  Pada saat itu Universitas Udayana baru menaungi empat fakultas yaitu Fakultas Sastra, Fakultas Kedokteran, Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan, serta Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan.  Fakultas terakhir ini telah memisahkan diri dari Unud dan bernama Sekolah Tinggi Keguruan Ilmu Pendidikan berkedudukan di kota Singaraja, Kabupaten Buleleng.

Berdasarkan Keputusan Presiden No. 62 tahun 1982 tentang Organisasi Universitas Udayana, nama Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan tidak ada lagi, yang muncul adalah nama Fakultas Peternakan.  Dengan demikian sejak tahun 1982 nama Fakultas Peternakan ditetapkan sebagai pengganti nama Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan. Sejak berdirinya FKHP Unud, jurusan yang ada hanyalah jurusan Peternakan. Pada tahun 1980 dikembangkan Jurusan Kedokteran Hewan yang kemudian berdiri sendiri menjadi Program Studi Kedokteran Hewan (PSKH) dan sekarang Fakultas Kedokteran Hewan (FKH).

Selanjutnya, melalui SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0562/O/1983, tentang jenis dan jumlah jurusan pada fakultas-fakultas di lingkungan Unud, dan SK. Dirjen. Pendidikan Tinggi No. 55/Dikti/Kep/1984, tanggal 31 Juli 1984 tentang jenis dan jumlah program studi di lingkungan Unud, maka Fakultas Peternakan memiliki dua jurusan dan sembilan bidang studi yang didukung oleh laboratorium-laboratorium.  Mengacu kepada SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0311/U/1994 tentang kurikulum yang berlaku secara nasional Program Sarjana Bidang Ilmu-Ilmu Pertanian, Fapet telah memiliki dua jurusan (Produksi Ternak serta Nutrisi dan Makanan Ternak). Keduanya telah diakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Depdiknas RI. Untuk Jurusan Nutrisi dan Makanan Ternak dengan Nomor 12/BAN-PT/Ak-VII/S1/IV/2004, tanggal 16 April 2004 dan untuk Jurusan Produksi Ternak dengan nomor 017/BAN-PT/Ak-VII/S1/V/2004 tanggal 07 Mei 2004, masing-masing memperoleh peringkat A. 

Melalui Surat Ijin Dikti tentang penyelenggaraan Program studi Sosial Ekonomi Peternakan No. 1871/D/T/2002 tanggal 3 September 2002, telah terbentuk Program Studi Sosial Ekonomi Peternakan pada jenjang pendidikan S1. PS ini masih berada di bawah naungan Jurusan Produksi Ternak. Sedangkan Lab.Tekonologi Hasil Ternak masih sebagai embrio Program Studi Teknologi Hasil Ternak.

Sejalan dengan perjalanan waktu dan dalam rangka meningkatkan mutu lulusan di pasar kerja, maka harapan stakeholders yang terekam dalam tracer study adalah mengharapkan Fakultas Peternakan cukup memiliki satu Program Studi. Adapun kompetensi yang dimiliki oleh lulusan adalah menguasai bidang ilmu peternakan yang komprehensif atau tidak spesifik. Harapan stakeholders ini sejalan dengan kebijakan Pemerintah yang memberlakukan Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK) yang dituangkan dalam Kepmendiknas Nomor 045/U/2002 tentang Kurikulum Inti Pendidikan Tinggi.  Dalam Keputusan ini yang dimaksud dengan Kompetensi adalah seperangkat tindakan cerdas, penuh tanggungjawab yang dimiliki seseorang sebagai syarat untuk dianggap mampu oleh masyarakat dalam melaksanakan tugas-tugas di bidang pekerjaan tertentu. Kompetensi hasil didik suatu program studi terdiri atas: a) kompetensi utama, b) kompetensi pendukung, dan c) kompetensi lain yang bersifat khusus dan gayut dengan kompetensi utama. Penciri dari kompetensi utama adalah Kurikulum Inti suatu program studi. Catatan penting yang dapat dipetik dari SK ini adalah bahwa Mendiknas tidak menetapkan kurikulum inti untuk setiap program studi sebagaimana yang diatur pada pasal 11 ayat (1) Kepmendiknas No:232/U/2000, dan selanjutnya ditetapkan oleh kalangan perguruan tinggi bersama masyarakat profesi dan pengguna lulusan. Dalam Kepmendiknas Nomor 045/2002 tersebut juga ditetapkan perbandingan beban ekivalen dalam bentuk satuan kredit semester antara kompetensi utama dengan kompetensi pendukung serta kompetensi lain di dalam kurikulum berkisar antara 40-80% : 20-40% : 0-30%.

Dalam hal kelembagaan, Pemerintah juga merespons harapan stakeholders melalui Surat Dirjen Dikti No: 3163/D/T/2004 perihal penggabungan program-program studi peternakan menjadi satu Program Studi. Sebelumnya juga telah diwacanakan dalam Munas I Forum Komunikasi Pimpinan Perguruan Tinggi Peternakan Indonesia Tahun 2003, dan terakhir Munas II Tahun 2004 di Malang tentang penggabungan program-program studi di seluruh Fakultas Peternakan di Indonesia. Akhirnya Pemerintah pada tanggal 26 April 2007 mengeluarkan SK Dirjen Dikti No. 1009/D/T/2007 tentang ijin penggabungan program-program studi: 1) Produksi  Ternak (S1) pada SK Dirjen Dikti No.55/DIKTI/Kep/1984 tanggal 31 Juli 1984; 2) Nutrisi dan Makanan Ternak (S1) pada SK Dirjen Dikti No.55/DIKTI/Kep/1984 tanggal 31 Juli 1984; 3) Sosial Ekonomi Peternakan (S1) pada SK Dirjen Dikti No 1871/D/T/2002 tanggal 9 Maret 2002, menjadi program studi Peternakan (S1) pada Fakultas Peternakan Universitas Udayana. Dengan demikian sejak tanggal 26 April 2007 Fakultas Peternakan Universitas Udayana hanya memiliki satu program studi (PS) yaitu PS Peternakan (S1) dan mulai menerapkan KBK pada Tahun Akademik 2007/2008. Pada akhir tahun 2011, Program Studi Peternakan memperoleh nilai akreditasi B dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Usaha keras Fakultas Peternakan untuk meningkatkan kinerja akademik sebagai sebuah institusi ilmiah akhirnya menuai hasil yang membanggakan dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 0976/SK/BANPT/Akred/S/VI/2016 pada tanggal 17 Juni 2016. Surat Keputusan BAN-PT tersebut telah menetapkan nilai dan peringkat akreditasi Program Studi Sarjana Peternakan Universitas Udayana Badung terakreditasi dengan Nilai 371 dengan Peringkat A (Sangat Baik), dimana sertifikat akreditasi berlaku sejak tanggal 18 Juni 2021 sampai dengan 18 Juni 2026. Dalam perjalanan waktu, BAN-PT mengeluarkan kebijakan penyesuaikan/konversi peringkat akreditasi institusi dari instrumen akreditasi 7 standar (APS 3.0 dan APT 2.0) menjadi instrumen akreditasi 9 standar (APS 4.0 dan APT 3.0) menggunakan instrumen suplemen konversi (ISK). Peluang tersebut diambil oleh Program Studi Peternakan Fakultas Peternakan Universitas Udayana dan PS. S1 Peternakan berhasil memperoleh peringkat Akreditasi Unggul yang disahkan dengan SK Direktur Dewan Eksekutif BAN-PT No. 1775/SK/BAN-PT/Ak.KP/S/V/2023, dimana sertifikat berlaku sejak tanggal 16 Mei 2023 sampai dengan 18 Juni 2026.

Program Magister Ilmu Peternakan dari Program Pascasarjana (S2) Fakultas Peternakan Universitas Udayana yang didirikan dan dikembangkan sejak Tahun 2002 memperoleh predikat akreditasi pertama kalinya pada Tahun 2012 dengan nilai 356 dengan peringkat B (Baik) berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 033/BAN-PT/Ak-IX/S2/I/2012, pertanggal 13 Januari 2012 dan berlaku sampai dengan `13 Januari 2017. Upaya peningkatan kualitas pengelolaan institusi terus dikembangkan sehingga pada akhir Tahun 2016, Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi mengeluarkan sertifikat Akreditasi dengan predikat Akreditasi A (Sangat baik) bagi Program Studi Ilmu Peternakan, pada Program Magister Universitas Udayana, Badung – Bali yang didasarkan atas Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 2943/SK/BAN-PT/Akred/M/XII/2016, berlaku mulai tanggal 1 Desember 2016 sampai dengan 1 Desember 2021. Upaya peningkatan pengelolaan institusi terus dilakukan dan berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 12888/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/M/XII/2021, pertanggal 8 Desember 2021 Program Studi Ilmu Peternakan, pada Program Magister (S2) Fakultas Peternakan Universitas Udayana, Badung ditetapkan berperingkat Akreditasi A dengan Nilai 364, dimana sertifikat akreditasi ini berlaku mulai tanggal 2 Desember 2021 sampai dengan 2 Desember 2026. Kebijakan penyesuaian atau konversi peringkat akreditasi institusi dari instrumen akreditasi 7 standar (APS 3.0 dan APT 2.0) menjadi instrumen akreditasi 9 standar (APS 4.0 dan APT 3.0) menggunakan ISK juga diikuti oleh PS. S2 Ilmu Peternakan, sehingga berdasarkan Surat Keputusan Direktur Dewan Eksekutif Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 1911/SK/BAN-PT/Ak.KP/M/V/2023 ditetapkan peringkat akreditasi Program Studi Ilmu Peternakan pada Program Magister Universitas Udayana, Kabupaten Badung terakreditasi Unggul yang berlaku mulai tanggal 23 Mei 2023 sampai 2 Desember 2026.

Program Doktor Ilmu Peternakan dari Program Pascasarjana Doktoral (S3) Fakultas Peternakan Universitas Udayana yang ijin pendiriannya dimulai sejak tanggal 15 Juni 2010 memperoleh predikat akreditasi pertama kalinya pada Tahun 2014 dengan nilai 303 berpredikat B (Baik) berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 006/SK/BAN-PT/Akred/D/I/2014, pertanggal 9 Januari 2014 dan berlaku sejak ditetapkan (9 Januari 2014) sampai dengan `9 Januari 2019. Upaya peningkatan kualitas pengelolaan institusi terus dikembangkan sehingga pada akhir Tahun 2018, Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi mengeluarkan sertifikat Akreditasi dengan predikat Terakreditasi A (Sangat baik) bagi Program Studi Ilmu Peternakan, pada Program Doktor (S3) Fakultas Peternakan Universitas Udayana, Badung – Bali yang didasarkan atas Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 3534/SK/BAN-PT/Akred/D/XII/2018, berlaku mulai tanggal 28 Desember 2018 sampai dengan 28 Desember 2023. Upaya peningkatan pengelolaan institusi terus dilakukan dan berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 5263/SK/BAN-PT/Ak.Ppj/D/XII/2023, pertanggal 20 Desember 2023 Program Studi Ilmu Peternakan, pada Program Doktor (S3) Fakultas Peternakan Universitas Udayana, Badung ditetapkan berperingkat Akreditasi Unggul, dimana sertifikat akreditasi ini berlaku mulai tanggal 29 Desember 2023 sampai dengan 29 Desember 2028.

Prestasi dalam pengelolaan institusi beserta berbagai aktivitas Akademik Tri Dharma Perguruasn Tinggi dalam upaya terus berkontribusi positif dalam pembangunan nasional telah memberikan inspirasi yang kuat bagi seluruh insan civitas akademika Fakultas Peternakan Universitas Udayana untuk selalu bersemangat meningkatkan kinerjanya baik di kalangan dosen, pegawai/tenaga kependidikan, dan mahasiswa serta mempererat kerjasama dengan berbagai pihak baik dalam skala lokal, nasional maupun internasional/global sehingga Visi, Misi, Tujuan dan Sasaran dari Fakultas Peternakan Universitas Udayana yang Unggul, Mandiri, Berbudaya dan berkelanjutan dapat diwujudkan.